Παράδειγμα και για την προστασία του περιβάλλοντος δίνει το Π.Ν. Οι δεσμοί του με τις τοπικές κοινωνίες και περιβαλλοντικούς φορείς κάθε μέρα ενισχύονται.
Πραγματοποιήθηκαν δύο επιχειρήσεις εξουδετέρωσης θαλάσσιων ναρκών του B΄ Παγκοσμίου Πολέμου (μέσω ελεγχόμενης έκρηξης), από στελέχη της Διοίκησης Υποβρύχιων Καταστροφών (Δ.Υ.Κ.). Οι νάρκες βρίσκονταν πλησίον της ακτής του όρμου Ελευθερών Καβάλας και επί της ακτογραμμής στις εκβολές του Εύηνου Μεσολογγίου.
Το Πολεμικό Ναυτικό συμμετέχοντας ενεργά στην προστασία του περιβάλλοντος, συνεργάστηκε στενά με αντίστοιχους περιβαλλοντικούς φορείς των ανωτέρω περιοχών, ούτως ώστε να επιλεγεί η διαδικασία με την μικρότερη δυνατή περιβαλλοντική επιβάρυνση, για την ολοκλήρωση των εν λόγω επιχειρήσεων.
Αμφότερες οι περιοχές ανήκουν στο δίκτυο NATURA 2000. Ειδικά η εκβολή του Εύηνου έχει ανακηρυχθεί ως Εθνικό Πάρκο και συμπεριλαμβάνεται στον αντίστοιχο κατάλογο της Σύμβασης RAMSAR. Λόγω δε της ιδιαίτερης ορνιθολογικής της σημασίας έχει καταχωρηθεί και ως Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ).
